En mars 1989, le gouvernement de la Nouvelle-Écosse a apporté des modifications légales similaires à celles du Nouveau-Brunswick, interdisant la fourniture et le financement d’avortements pratiqués en dehors des hôpitaux agréés. La province a affirmé que la loi avait été adoptée pour réglementer la pratique médicale et empêcher la privatisation des soins de santé.

Quelques mois plus tard, le Dr Morgentaler a ouvert la première clinique d’avortement autonome du Canada atlantique à Halifax et, après y avoir pratiqué quelques avortements, il a été inculpé. Lors du procès, il a fait valoir que les amendements étaient inconstitutionnels. La Constitution canadienne répartit la compétence législative entre le Parlement du Canada et les assemblées législatives provinciales, et le Parlement fédéral a une compétence exclusive en matière de droit pénal. Le Dr Morgentaler a soutenu que les lois de la Nouvelle-Écosse étaient inconstitutionnelles parce qu’elles violaient les droits à l’égalité et à la sécurité de la personne garantis par la Charte, et parce qu’elles constituaient un “empiètement illégal sur la compétence exclusive du Parlement fédéral en matière de droit pénal”.

Le Dr Morgentaler a été acquitté lors du procès parce que le juge a estimé que “… la seule conclusion raisonnable à laquelle on peut parvenir après avoir examiné toutes les circonstances est que cette législation a été créée principalement pour maintenir les cliniques d’avortement indépendantes, et en particulier le Dr Morgentaler, hors de la Nouvelle-Écosse”, et non pour les raisons invoquées par la province. L’affaire relevait donc du droit pénal, qui ne relève pas de la compétence provinciale. La Cour d’appel lui donne raison et la Cour suprême du Canada se prononce finalement en faveur du Dr Morgentaler en 1993.